นักวิทยาศาสตร์ ถอดรหัสเชื้อโควิด พบสายพันธุ์แอฟริกาใต้ จากคลัสเตอร์ตากใบ นราธิวาส

นักวิทยาศาสตร์รายงานผลการตรวจสอบพบ สายพันธุ์แอฟริกาใต้ ที่อำเภอตากใบ จังหวัดนราธิวาส

วันที่ 22 พฤษภาคม 2564 นักวิจัยหลากหลายสถาบัน ซึ่งรวมตัวเป็นกลุ่ม COVID-19 Network Investigations หรือ CONI เพื่อหยุดยั้งการระบาดของโควิด-19 ด้วยข้อมูลระดับจีโนม เผยแพร่รายงานสำหรับประชาคมวิทยาศาสตร์ เรื่อง การระบาดในประเทศของเชื้อ สายตระกูล B.1.351 (20H/501Y.V2) ณ วันที่ 22 พฤษภาคม 2564 ระบุว่า

ปัจจุบันประเทศไทยมีการระบาดในประเทศของเชื้อโรคติดเชื้อไวรัสโคโรนา 2019 (โควิด-19) สายตระกูล B.1.351 (20H/501Y.V2) หรือที่มักเรียกกันในสื่อว่าเชื้อสายพันธุ์แอฟริกาใต้ ทางกลุ่มพันธมิตร COVID-19 Network Investigations (CONI) ได้รับการประสานจากทางกระทรวงสาธารณสุขให้ร่วมสืบสวนคลัสเตอร์ที่อำเภอตากใบ จังหวัดนราธิวาส โดยได้รับข้อมูลว่าอาจเป็นคลัสเตอร์ติดเชื้อต่อเนื่องในประเทศไทย จากผู้ลักลอบเข้าเมือง

จากการถอดรหัสพันธุกรรมระดับจีโนมพบว่าเป็นเชื้อสายตระกูล B.1351 ทางกลุ่มฯ ได้ส่งต่อข้อมูลทั้งหมดให้กับหน่วยงานของกระทรวงสาธารณสุขในระดับภูมิภาคและระดับชาติเพื่อสื่อสารกับประชาชนต่อไป

ทั้งนี้ ทางกลุ่มขอสื่อสารข้อมูลชุดนี้ให้ประชาคมวิทยาศาสตร์เพื่อร่วมกัน ติดตาม เฝ้าระวัง และพัฒนาวิธีป้องกันรักษาโรค

1.ตัวอย่างชุดนี้จัดเก็บโดยทางกระทรวงสาธารณสุข เมื่อวันที่ 13 พ.ค.2564 ทางกลุ่มฯ ได้รับตัวอย่างเมื่อวันที่ 17 พ.ค.2564 และคัดเลือกมาสามตัวอย่าง เพื่อถอดรหัสพันธุกรรมระดับจีโนม โดยตำแหน่งที่ถอดได้มีลำดับการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมตรงกับสายตระกูล B.1.351 ตามระบบ PANGO

2.การถอดรหัสใช้วิธี MinION ของ Oxford Nanopore Technologies โดยมาจากวิธี amplicon sequencing ของ ARTIC Network ผ่านการวิเคราะห์โดย workflow ของ COG-UK และระบบ QC ของกลุ่ม ด้วยทรัพยากร Supercomputer จาก ThaiSC TARA

3.Genomic Coverage ของสามตัวอย่างอยู่ที่ 85.01%, 90.11% และ 84.93% ตามลำดับ

ปกติวิธีที่ใช้จะได้ coverage ประมาณ 95-98% แต่ตัวอย่างน่าจะมีการเสื่อมสลายระหว่างขนส่ง เพราะวิธีการอื่นที่ใช้วิเคราะห์ตัวอย่างนี้ก็มีปัญหาคล้ายคลึงกัน อย่างไรก็ดี ตำแหน่งที่ได้เพียงพอต่อการกำหนดสายตระกูล ทางทีมถอดรหัสจะใช้วิธีการ illumine เพื่อเพิ่ม coverage ของตัวอย่างชุดนี้ต่อไป

4.ทางกลุ่มจะนำข้อมูล BKKCOVID721 ที่ได้เข้าสู่ระบบ GISAID และจะรวมเจ้าไปใน Nextstrain build รอบถัดไป พร้อมทั้งติดตามต้นตอการระบาดด้วยวิธี Maximum-likelihood และ Bayesian analyses

โดยปกติทางกลุ่มจะนำเสนอข้อมูลให้กระทรวงสาธารณสุขและนำข้อมูลเข้า GISAI โดยตรง แต่เนื่องจากข้อมูลชุดนี้มีความสำคัญ ทางกลุ่มจึงนำมาแสดงต่อประชาคมวิทยาศาตร์ทันที

5.เชื้อสายตระกูล B.1.351 มีการกลายพันธุ์ในตำแหน่งที่คาดว่ามีผลกระทบต่อการตอบสนองของระบบภูมิคุ้มกันมนุษย์ต่อไวรัส และลดประสิทธิภาพการทำงานของวัคซีน แต่มิได้แปลว่าวัคซีนจะใช้ไม่ได้ เพียงแต่ต้องเพิ่มอัตราส่วนประชากรผู้ได้รับวัคซีนให้สูงขึ้นเพื่อเกิดการป้องกันระดับประชากร

ทางกลุ่ม CONI ประกอบด้วยนักวิทยาศาสตร์ที่สังกัดสถาบันในไทยและต่างประเทศ ทางกลุ่มทำการถอดรหัสโดยไม่เก็บค่าใช้จ่ายเพื่อช่วยหน่วยงานด้านการแพทย์และสาธารณสุขสืบสวนโรคและติดตามการระบาดในระดับประชากร

สำหรับข้อมูลดังกล่าวจัดเตรียมโดยนักวิทยาศาสตร์ 9 คน ซึ่งตอนท้ายเอกสารระบุว่า ความเห็นประกอบข้อมูลดังกล่าวมิใช่ของต้นสังกัด